1세대 1주택 양도소득세 12억 초과분 계산법과 장기보유특별공제 체크리스트 (1)

12억원 넘는 집 팔 때 양도세, 얼마나 나올까요? 비과세 기준부터 공제율까지 계산법을 정리했습니다

집 한 채를 오래 갖고 있다가 팔려는 분들이 가장 먼저 궁금해하는 게 “12억원 넘으면 세금이 얼마나 나오나”입니다. 결론부터 말씀드리면, 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 주택도 양도가액이 12억원을 넘으면 초과분에 대해 과세됩니다. 전부 비과세도, 전부 과세도 아닙니다. 비과세 요건과 12억원 초과분 계산법, 장기보유특별공제율표까지 순서대로 짚어보겠습니다.

1. 1세대 1주택 비과세, 보유 2년과 거주요건부터 확인해야 합니다

국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택을 2년 이상 보유한 뒤 양도하면 원칙적으로 양도소득세가 비과세됩니다.

다만 거주요건이 하나 붙습니다. 2017년 8월 3일 이후 취득했고 취득 당시 조정대상지역이었다면, 보유기간 중 2년 이상 거주해야 비과세 요건을 채웁니다. 양도 시점에 조정대상지역에서 해제됐더라도 취득 당시 기준이므로 거주요건은 그대로 적용됩니다. 2017년 8월 2일 이전 취득 주택은 거주요건이 없습니다.

12억원을 넘으면 어떻게 될까요? 국세청은 주택과 부수 토지의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 것을 “고가주택”으로 정의합니다. 1세대 1주택 비과세 요건을 다 충족했더라도 양도가액이 12억원을 넘으면, 12억원까지의 양도차익은 비과세되고 초과하는 부분에 대응하는 양도차익만 과세 대상이 됩니다.

2. 12억원 초과분 양도차익, 어떻게 계산할까요?

국세청이 공식적으로 제시하는 계산 공식은 다음과 같습니다.

과세대상 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액

국세청 예시를 보면 감이 잡힙니다. 2009년 8억원에 취득한 주택을 15억원에 양도하고 10년 이상 거주, 필요경비 3천만원을 가정하면 전체 양도차익은 15억원 − 8억원 − 3천만원 = 6억 7,000만원입니다. 공식을 적용하면 과세대상 양도차익은 6억 7,000만원 × (15억원 − 12억원) ÷ 15억원 = 1억 3,400만원입니다. 전체 양도차익 중 20%만 과세 대상이 되고, 나머지 80%인 5억 3,600만원은 비과세로 남습니다.

숫자를 바꿔 하나 더 계산해보겠습니다. 취득가액 5억원, 양도가액 20억원, 필요경비 5,000만원, 20년 보유·거주라면 전체 양도차익은 20억원 − 5억원 − 0.5억원 = 14억 5,000만원입니다. 과세대상 비율은 (20억원 − 12억원) ÷ 20억원 = 40%이므로 과세대상 양도차익은 14억 5,000만원 × 40% = 5억 8,000만원이 됩니다.

아래 버튼을 누르면

국세청 양도소득세 자동계산

아래와 같은 ‘양도소득세 미리계산(모의계산)’ 화면이 나옵니다.

첫번째 계산하기는 ‘간편계산 입력’이고, 두번째는 ‘실지거래가액 기준 계산’이고, 세번째는 ‘등기자료를 활용해서 간편계산하는 것입니다.

첫번째 방법만 다뤄보겠습니다.

가. 간편계산 입력 방법

간편계산에 해당하는 첫번째 계산하기를 누르면

1) 기본사항 입력

위와 같은 화면이 나오는데 양도일자, 취득일자는 사실대로 입력하고,

양도물건종류는 토지, 주택, 고가주택(1세대1주택), 기타로 구분되어 있는데, 12억이상인 것을 가정한 것이므로 12억(1세대1주택)을 선택합니다.

2) 거래금액 입력

가) 양도가액, 취득가액 입력

을 사실대로 입력하고, 취득가액은 오른쪽에 펼침 버튼이 있으므로 펼침 버튼을 누릅니다.

그러면 아래와 같이 매입가액, 취득세, 등록세, 법무사비용, 취득중개수수료, 기타로 구분해서 입력하도록 되어 있습니다.

나) 기타필요경비

기타필요경비도 마찬가지로 펼침 버튼을 누르면 아래와 같이 자본적지출, 양도중개수수료, 국민주택채권매각차손, 기타를 입력하도록 되어 있습니다.

다) 양도소득기본공제

인별로 연간 250만원을 공제한다고 설명되어 있습니다.

3) 기타사항 입력

가) ‘미등기양도입니까’를 묻는데, 대부분 ‘아니오’일 것입니다.

나) ‘상속받은 자산입니까’라고 묻는데 대부분 아니겠지만, 상속받은 재산이라면 피상속인 취득일을 입력합니다.

다) ‘비사업용토지(2016.1.1 양도일부터 추가과세 적용)에 해당’하는지 묻는데,

※ 비사업용토지란 양도자가 토지를 소유하는 기간 중에 일정기간 동안 지목 본래의 용도에 사용하지 않는 토지를 말한다’라고 설명하고 있습니다.

라) ‘1세대1주택으로서 2년이상 보유하여 1세대1주택 비과세대상에 해당’여부를 묻는데 기본값이 ‘아니오’라고 되어 있으므로 위에서 설명한 비과세 요건에 해당한다면 반드시 ‘예’를 선택해야 양도소득세 계산시 초과분에 대해서만 과세가 됩니다. 만약 잘못 선택해서 ‘아니오’라고 하면 일반 과세처럼 전체 양도차익에 대해 과세가 됩니다.

마) 1세대1주택 비과세에 해당하는 고가주택인 경우 과세대상 양도차익을 입력하라고 하는데, 오른쪽에 ‘과세대상 양도차익 계산기’버튼이 있는데 활성화되어 있지 않습니다.

산식으로 자동 계산이 되기 때문에 비활성화되어 있는 듯 합니다.

바) 장기보유특별공제를 계산하는 부분이 나오는데 아래에서 상세히 설명하겠습니다.

3. 장기보유특별공제, 특례냐 일반이냐에 따라 공제율이 다릅니다

과세대상 양도차익이 정해졌다면 다음은 장기보유특별공제입니다. 이 공제율표가 두 갈래로 나뉜다는 걸 모르면 세액이 크게 어긋날 수 있습니다.

가. 1세대 1주택 특례 공제율 — 보유·거주 요건을 둘 다 채운 경우

3년 이상 보유하고 그 보유기간 중 2년 이상 거주한 1세대 1주택자(고가주택 포함)에게 적용됩니다. 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 계산해 합산합니다.

보유기간은 연 4%p씩, 거주기간도 연 4%p씩 가산되어 각각 최대 40%(10년 이상)입니다. 다만 거주기간 최저 구간(2년 이상~3년 미만)은 8%부터 시작합니다. 둘을 합산하면 최대 80%(10년 이상 보유 + 10년 이상 거주)까지 받을 수 있습니다.

연차별 공제율을 표로 정리하면 다음과 같습니다. 3~9년 구간 수치는 “연 4%p, 10년=40%” 규칙을 근거로 역산한 값이라, 신고 전 홈택스에서 한 번 더 확인하는 게 안전합니다.

보유기간	보유기간 공제율	거주기간	거주기간 공제율
3년 이상~4년 미만	12%	2년 이상~3년 미만	8%
4년 이상~5년 미만	16%	3년 이상~4년 미만	12%
5년 이상~6년 미만	20%	4년 이상~5년 미만	16%
6년 이상~7년 미만	24%	5년 이상~6년 미만	20%
7년 이상~8년 미만	28%	6년 이상~7년 미만	24%
8년 이상~9년 미만	32%	7년 이상~8년 미만	28%
9년 이상~10년 미만	36%	8년 이상~9년 미만	32%
10년 이상	40%	9년 이상~10년 미만	36%
—	—	10년 이상	40%

기본값이 아래와 같이 보유기간 4년이상만 적용해서 12%가 적용되는데,

중간에 있는 장기보유특별공제 구분을 누른 다음 ‘1세대1주택장특공제(80%한도)를 선택하고, 거주기간을 ‘6년이상 7년미만’을 선택하면 중간의 공제율과 공제금액이 비어지는데,
그 위 ‘장기보유특별공제 계산하기’버튼을 누르면 ‘공제율’이 ‘보유기간24% + 거주기간 24%’가 되고, 공제금액은 양도차익의 (24% + 24%)인 6,240만원이 됩니다.

나. 일반 공제율 — 1세대 1주택 특례 요건을 충족하지 못한 경우

다주택자나 비사업용 토지 등에 적용되며, 연 2%p씩 가산되어 최대 30%(15년 이상 보유)까지만 받을 수 있습니다. 1세대 1주택자도 거주요건 2년을 못 채우면 이 일반 공제율표로 넘어가는데, 자세한 내용은 다음 편에서 다루겠습니다.

4. 산출세액 확인

앞서 구한 과세대상 양도차익 1억 3,000만원에 장기보유특별공제를 적용해보겠습니다.

위에서는 보유와 거주기간이 6년이었는데 16년으로 변경했습니다. 2009년 취득, 2025년 양도로 보유기간 16년, 거주기간도 10년 이상이라 보유공제 40%+거주공제 40%=80%를 적용받을 수 있습니다.

가. 공제 후 양도소득금액

1억 3,000만원 × (1 − 0.8) = 2,600만원입니다.

나. 과세표준

양도소득금액에서 양도소득 기본공제(연 250만원, 1인당 연 1회)를 한 번 더 빼면 과세표준이 나옵니다.

다. 최종 산출세액

이후 과세표준에 양도소득세 세율(초과누진세율) 15%를 적용하면 최종 산출세액 2,265,000원이 나옵니다.

5. 1세대1주택이지만 비과세가 아닌 경우

과세인 경우에도 5번의 전체양도차익은 비과세와 같지만 비과세 양도차익이 0이기때문에
과세대상 양도차익이 6억5천만원으로 비과세의 경우 1억3천만원과 엄청난 차이가 발생하며
장기보유특별공제는 과세가 1억95백만원으로 비과세 1억 4백만원에 비해서 큽니다.
그러나 세율이 40%로 비과세의 15%에 비해 매우 높기 때문에 산출세액이 약1억55백만원으로 비과세의 경우 약226만원에 비해 68배나 비쌉니다.

12억원 초과분 계산법과 장기보유특별공제 특례·일반 공제율의 기본 구조는 여기까지입니다. 다음 편에서는 보유·거주기간 미충족 시 공제율 변화, 신고 기한, 일시적 2주택 같은 헷갈리는 사례를 이어서 다루겠습니다.